• Prologo

In un tempo remoto, non definito, Obaro, un re dell'antico Popolo, chiamato Placcato, osserva i suoi soldati e il mondo svanire nel nulla. Un tempo dopo non specificato, il giovane Kanata, insieme ai suoi amici Lumina e Locke, durante l’esplorazione fuori dal loro villaggio natale Elgarthe, riscontrano un eccessivo aumento di mostri che minacciano la zona. Tornando a Elgarthe, trovano la loro città trasformata in un vuoto bianco, fenomeno chiamato: “Perduto”

• L'alba della fine

Quando Kanata, Lumina e Locke scoprono che la loro piccola città di Elgarthe è scomparsa, incontrano Van, che sembra sapere qualcosa al riguardo al fenomeno “perduto” e vanno insieme a Moon Ridge per cercare altri sopravvissuti. Non trovano nessuno, e si riposano in un piccolo casolare. Kanata durante la notte ha un sogno che risveglia in lui la capacità di ripristinare le cose che sono svanite, attraverso l'uso dei ricordi. Sebbene Kanata pensi che sia stato solo un sogno, è in grado di ripristinare parti di Elgarthe. Lui e i suoi amici vanno a Merl Ruins per raccogliere più ricordi necessari per salvare la sua città così Kanata attraverso l’uso dei ricordi riesce finalmente a ripristinare completamente Elgarthe.

• Viaggio nell'Impero

Galdra, Comandante dell’Impero assiste quando Kanata ripristina Elgarthe, cosi chiede al ragazzo e ai suoi amici di aiutare l'Impero Gigante con il crescente fenomeno del "perduto". Sulla strada per la capitale imperiale, il gruppo si trova alla gola di Mistral che risulta impraticabile, ma Kanata crea un "artefatto" grazie ai ricordi, ripristinando cosi l'area. Arrivati a Mistral Gorge, il gruppo salva un minatore di nome Deek e questi dà loro un minerale speciale chiamato terromite. Dopo aver ricevuto questo minerale, Kanata cerca di ripristinare la borsa degli attrezzi di Deek, ma scompare del tutto. Preoccupati nell'apprendere che c'è un ulteriore stadio dopo che le cose sono andate perdute, si spingono increduli verso la capitale imperiale.

• La Luce dei Vulcosuits

All'arrivo a Watt, Capitale dell’Impero Gigante, Kanata e il suo gruppo si imbattono nell'imperatore Neodeus sotto mentite spoglie. L’Imperatore chiede aiuto per il problema del “perduto" per l’impero e la sua gente e così Kanata e i suoi amici si ritrovano presto ad aiutare sempre più persone. Quando si stabiliscono nella capitale, incontrano anche la gente di Maarport, così come l'ingegnere capo Amatsu e il genio dell'ingegneria Plana. Kanata accetta di aiutare l’Impero a patto che le forze investigative imperiali lo aiutano a trovare la sua madre dispersa. Intanto Tradeus ambizioso Generale dell’Impero, chiede al gruppo di accompagnarlo in una missione alle Rovine Ragness, luogo molto antico e pieno di insidie. La missione è di recuperare antiche armature, le vulcosuits, tutto sembra andare bene, fino a quando Locke finisce per essere gravemente ferito dal mostro di guardia alle vulcosuits, Kanata, Lumina e Van in preda al panico recuperano le armature e corrono via dalle rovine per tornare il più velocemente possibile a Watt per far curare il loro amico in fin di vita. Galdra, si scusa con loro per l’atteggiamento del Generale Tradeus, e assicura loro di badare al Locke durante le sue cure, nel frattempo Kanata e il gruppo deve recarsi al Palazzo Imperiale.

• Ritorno! Tempo di oscurità

Kanata e il gruppo decidono di infiltrarsi nel blocco della prigione dove sono detenuti i Twilighters.

Tuttavia, si imbattono in una stretta sicurezza e così escogitano il piano per riportare il concetto di "notte" nel mondo ripristinando la colonna spritnite crono perduta. Con la notte ripristinata con successo, il gruppo è in grado di entrare nella prigione col favore dell'oscurità.

Nel blocco della prigione, Sherra dice al gruppo che l'impero ha invaso la Sacra Montagna Rahet dei Twilighters solo per impadronirsi della sua terromite. Sherra si unisce al gruppo e, insieme, si dirigono verso l'isola Salny per scoprire la verità sull'impero.

• Il grido del guardiano

Quando il gruppo arriva a Maarport, scopre che il mare è "perduto". Dopo aver ricevuto informazioni a Maarport, Kanata e i suoi amici raccolgono ricordi a Shipsink e riescono a ripristinare la colonna di spritnite d'acqua, riportando indietro il mare. Il gruppo quindi sale a bordo della nave e si reca all'isola di Salny, assistendo alla battaglia indiscriminata di Zemrode e del Comando Imperiale contro i mostri. Dopo aver tentato senza successo di ragionare con Zemrode, decidono di opporsi a loro. Collaborando con Dianto, riescono a respingere le forze dell'impero.